Durant l’hiver suivant, Amherst planifie l’attaque de trois armées contre Montréal : James Murray remontant le Saint-Laurent à partir de Québec, William Haviland venant du lac Champlain et Amherst lui-même attaquant à partir du lac Ontario. Au début de septembre 1760, la jonction des trois armées fonctionne parfaitement et aboutit à la capitulation des Français le 8 septembre. Amherst nomme alors trois gouverneurs militaires pour les trois districts du Canada : James Murray, confirmé dans le poste qu’il occupait déjà à Québec, Ralph Burton à Trois-Rivières et Thomas Gage à Montréal.
Cependant, la guerre n’est pas terminée, et Amherst, à titre de commandant en chef, organise au cours de 1761 et 1762 des expéditions à la Dominique, en Martinique et à Cuba. En 1762, une armée française dirigée par Charles-Henri-Louis d’Arsac de Ternay débarque à Terre-Neuve. Elle ravage la colonie britannique avant d’être repoussée par une armée britannique commandée par William Amherst, frère de Jeffery Armherst qui l’a nommé à ce poste. Depuis New York, Jeffery Amherst supervise cette opération militaire. La bataille de Signal Hill (à Terre-Neuve) et la capitulation du fort de Saint-Jean mettent fin à l’aventure française en Amérique du Nord.
Vue perspective de la descente des François à l’île de Terre-Neuve du côté de Saint-Jean en 1762. |
Pendant son séjour à Montréal, ce dernier développe une haine incontestable envers les Amérindiens, il les déteste rien de moins. Il constate avec frustration que quelques tribus indiennes des Grands Lacs, dans la région de Détroit, sous le chef Pontiac font la vie difficile aux troupes britanniques.
En 1763, il écrivit à son subalterne, Colonel Bouquet, avec une suggestion qui révolte plus d’un aujourd’hui. Amherst lui ordonna de faire le nécessaire pour transmettre la variole parmi les populations indiennes à l’aide de couverture infectée par le virus.
Au cours des mois suivants, des épidémies de variole causèrent des ravages dans les tribus Delaware, Mingos et Shawnees. Selon le journal de guerre de Bouquet, ce dernier n’aura jamais mis à exécution les ordres du Commandant en chef. Les coïncidences avec l’épidémie parmi les troupes de Pontiac sont toutefois étranges. Lors de son retour en Europe, il s’installa sur des terres qui lui furent offertes à titre de récompense dans la ville de Sevenoaks dans la région du Kent.
Il fut le premier gouverneur sous l’occupation militaire de la Nouvelle-France, de 1760 à 1763.
Il décéda le 3 août 1797, à Sevenoaks, à sa résidence appelée Montréal.