mercredi 22 juin 2022

Migrations — On saurait enfin d'où venait la peste noire

Pierre tombale
 
La pandémie de peste noire, qui décima entre 30 et 50 % de la population européenne au Moyen-Age, serait née en Asie centrale, dans l’actuel Kirghizistan, selon une étude mettant fin, selon l’AFP, à près de sept siècles de questionnements. 

Siège de Caffa en Crimée par les Mongols

En 1346, les Mongols de la Horde d’or assiégèrent Caffa, comptoir et port génois des bords de la mer Noire, en Crimée. Caffa s’appelle aujourd’hui Théodosie (ou encore en russe Feodossia Феодосия). L’épidémie, ramenée d’Asie centrale par les Mongols, toucha bientôt les assiégés, car les Mongols catapultaient les cadavres des leurs par-dessus les murs pour infecter les habitants de la ville. Cependant, pour le médiéviste français Boris Bove, il serait plus plausible d’imaginer que la contamination des Génois fut le fait des rats passant des rangs mongols jusque dans la ville, ou selon une théorie récente, plutôt des gerbilles.

Le siège fut levé, faute de combattants valides en nombre suffisant : Génois et Mongols signèrent une trêve. Les bateaux génois, pouvant désormais quitter Caffa, disséminèrent la peste dans tous les ports où ils faisaient halte : Constantinople est la première ville touchée en 1347, puis la maladie atteignit Messine fin septembre 1347, Gênes et Marseille en novembre de la même année. Pise est atteinte le premier janvier 1348, puis c’est le tour de Spalato (aujourd’hui Split en Dalmatie), la peste gagnant les ports voisins de Sebenico et de Raguse, d’où elle passe à Venise le 25 janvier 1348. En un an, la peste se répandit sur tout le pourtour méditerranéen.

Avancée génétique

C’est grâce à de l’ADN humain ancien, extrait d’un site funéraire du XIVe siècle dans le nord du Kirghizistan, que les chercheurs ont pu remonter à la source. Leurs découvertes, publiées mercredi dans la revue Nature, tranchent un très vieux débat d’historiens.

L’épidémie de peste noire atteignit l’Europe en 1346 par le bassin méditerranéen, par des navires transportant des marchandises depuis la Mer noire. En seulement huit ans, la « mort noire » tua jusqu’à 50 % de la population d’Europe, du Moyen-Orient et d’Afrique du Nord. Elle marqua le début de longues vagues de l’épidémie qui allait resurgir par intermittence durant 500 ans.

Où est-elle née ? L’une des pistes les plus communément avancées était celle de la Chine, mais aucune preuve robuste n’a pu à ce jour étayer cette théorie.

Pierre tombale  
« J’ai toujours été fasciné par la peste noire, et l’un de mes rêves était de résoudre le mystère de ses origines », a raconté l’historien spécialiste des catastrophes Phil Slavin, l’un des auteurs de l’étude, lors d’une conférence de presse. 

« Mort de pestilence »

Ce professeur à l’Université de Stirling en Écosse connaissait l’existence de deux sites funéraires médiévaux près de lac d’Issyk Köl (ou Yssyk Koul) au Kirghizistan, qui avaient été fouillés à la fin du XIXe siècle.

Sur plus de 400 pierres tombales de cimetières nestoriens (chrétiens d’Orient, déclarés hérétiques), une centaine étaient précisément datées : 1338-1339. Avec une épitaphe mentionnant une elliptique « mort de pestilence », en ancien syriaque. Autant d’indices d’une surmortalité anormale au sein d’une communauté, sept ou huit ans avant que la peste noire ne frappe l’Europe.

Pour trouver la cause des décès, les chercheurs ont fouillé dans l’ADN dentaire de sept squelettes. « La pulpe dentaire est une source précieuse, car c’est une zone très vascularisée qui donne une forte chance de détecter des pathogènes dans le sang », a expliqué à l’AFP Maria Spyrou, de l’Université de Tübingen en Allemagne, elle aussi auteure de l’étude. 

L’ADN a pu être séquencé — un travail délicat tant il était fragmenté — puis comparé à une base de données contenant le génome de milliers de bactéries.

Verdict : les corps avaient été infectés par la bactérie Yersinia pestis, le bacille responsable de la peste noire, transmise à l’homme par les puces des rongeurs. Cette communauté avait donc bien été victime du même fléau que celui qui a frappé l’Europe quelques années plus tard.

Les analyses du génome de Yersinia pestis ont aussi révélé qu’il s’agissait d’une souche ancestrale de la bactérie. Celle qui se trouve à la base de « l’arbre génétique » de la peste. 

Diffusion de la peste noire

Les scientifiques associent justement l’apparition de la peste noire en Europe à un « Big Bang » génétique au cours duquel les bactéries souches se sont massivement diversifiées.

Au cœur des routes de la Soie

Les souches découvertes au Kirghizistan se trouvent pile « au nœud de cette diversification massive », survenue vers les années 1330. Confirmant que cette région du monde, les Monts Tian (T’ien ou encore Tian Chan), a bien été le point de départ de l’expansion, selon Maria Spyrou. 

De plus, chez les rongeurs vivant aujourd’hui dans les monts Tian, les chercheurs ont identifié une souche de la bactérie très proche de celle des victimes humaines de 1338-1339, « la plus proche qu’on ait trouvée dans le monde », a complété Johannes Krause, de l’Institut Max Planck, coauteur de l’étude. 

Il s’agissait de communautés chrétiennes, ethniquement diversifiées (Mongols, Ouïghours…), qui pratiquaient le commerce au long cours selon les objets funéraires retrouvés : perles du Pacifique, coraux de Méditerranée, vêtements de soies.... « Vivant au cœur des routes de la soie, ils ont dû beaucoup voyager, ce qui a joué un rôle dans l’expansion de l’épidémie via la Mer noire », avance Phil Slavin.

La peste n’a jamais été éradiquée de la surface de la Terre : chaque année, des milliers de personnes continuent d’être infectées, notamment en Asie centrale. Dans les montagnes du Tian Chan, ce sont les marmottes qui constituent le principal réservoir animal de la maladie.

Une pandémie meurtrière comme celle du Moyen-Age ne serait heureusement pas à craindre : non pas que la bactérie soit moins virulente, mais parce que les conditions d’hygiène et le recours aux antibiotiques n’ont rien à voir avec le passé.

Covid-19 — A-t-on donné le mauvais type de vaccins ? (m à j, autre étude)

Une autre étude vient appuyer l'étude danoise mentionnée dans le billet originel du 9 mai. Il s'agit d'une étude américaine intitulée : «  Événements indésirables graves d'intérêt particulier à la suite d'une vaccination par ARNm dans des essais randomisés ».

En voici une partie du résumé : « Les vaccins à ARNm COVID-19 de Pfizer et Moderna étaient associés à un risque accru d'événements indésirables graves d'intérêt particulier, avec une augmentation du risque absolu de 10,1 et 15,1 pour 10 000 vaccinés par rapport aux valeurs initiales du placebo de 17,6 et 42,2 (IC à 95 % -0,4 à 20,6 et -3,6 à 33,8), respectivement. Combinés, les vaccins à ARNm étaient associés à une augmentation du risque absolu d'événements indésirables graves d'intérêt particulier de 12,5 pour 10 000 (IC à 95 % 2,1 à 22,9). Le risque excédentaire d'événements indésirables graves d'intérêt particulier a dépassé la réduction du risque d'hospitalisation pour COVID-19 par rapport au groupe placebo dans les essais Pfizer et Moderna (2,3 et 6,4 pour 10 000 participants, respectivement). »

Source


Billet originel du 9 mai 2022

Un texte de Martin Kulldorff, chercheur principal au Brownstone Institute, épidémiologiste et biostatisticien spécialisé dans les épidémies de maladies infectieuses et la sécurité des vaccins. Il est le développeur des logiciels Free SaTScan, TreeScan et RSequential. Plus récemment, il a été professeur à la Harvard Medical School pendant dix ans.

Des essais contrôlés randomisés montrent une réduction de la mortalité toutes causes confondues à l’aide de vaccins contre la covid à vecteur adénovirus  (risque relatif [RR] = 0,37, interval de confiance [IC] à 95 % : 0,19-0,70), mais pas avec les vaccins à ARNm (RR = 1,03, IC à 95 % 0,63-1,71). Un risque relatif supérieur à 1 signifie que les vaccins en question (ARN messager) sont probablement légèrement plus risqués que les placebos, probablement car l’intervalle de confiance est grand.

C’est le verdict d’une nouvelle étude danoise par la Dr Christine Benn et ses collègues. Les gens ont-ils reçu des vaccins qui ne fonctionnent pas (Pfizer/Moderna) au lieu de vaccins qui fonctionnent (AstraZeneca/Johnson & Johnson) ? Mettons cette étude dans son contexte, puis plongeons dans les chiffres.

En médecine, l’étalon-or des preuves est l’essai contrôlé randomisé (ECR), car il évite les biais d’étude pour ou contre le vaccin. De plus, le résultat clé est la mort. Ces vaccins sauvent-ils des vies ? Par conséquent, l’étude danoise répond à la bonne question avec les bonnes données.

C’est la première étude à le faire.

Lorsque les vaccins à ARNm Pfizer et Moderna ont été approuvés par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis, cette décision était basée sur des ECR. Les ECR soumis à la FDA ont montré que les vaccins réduisent les infections symptomatiques de Covid. En recrutant principalement des adultes plus jeunes et d’âge moyen, qui ont peu de chances de mourir de covid quoi qu’il arrive, les études n’ont pas été conçues pour déterminer si les vaccins réduisaient également la mortalité.

Cette hypothèse a été posée comme un corollaire que cela fût vrai ou non. Les ECR lors de la procédure d’approbation n’ont pas non plus été conçus pour déterminer si les vaccins réduisent la transmission, mais c’est une autre histoire.

Les vaccins ont été développés contre la covid, mais pour évaluer correctement un vaccin, nous devons également examiner les décès non-COVID. Y a-t-il des effets indésirables imprévus entraînant la mort ? Nous ne voulons pas d’un vaccin qui sauve la vie de certaines personnes, mais en tue autant d’autres. Il peut également y avoir des avantages imprévus, comme une protection accessoire contre d’autres infections. Pour une comparaison équitable, ces considérations devraient également faire partie de l’équation.

Bien que chaque ECR individuel n’ait pas été en mesure de déterminer si le vaccin contre la covid réduisait la mortalité, les ECR ont enregistré tous les décès et, pour augmenter la taille de l’échantillon, l’étude danoise a regroupé plusieurs ECR. Il existe deux types différents de vaccins contre la covid, les vaccins à vecteur adénovirus (AstraZeneca, Johnson & Johnson, Spoutnik) et les vaccins à ARNm (Pfizer et Moderna). L’équipe danoise a effectué une analyse groupée pour chaque type.

En voici les résultats :

 Type de vaccin Décès/Vaccinés Décès/Témoins Risque relatif Intervalle de confiance
à 95 %
Adénovirus-vecteur 16/72 138 30/50 026  0,37 0,19–0,70
ARNm 31/37 110 30/37 083  1,03 0,63–1,71

Il existe des preuves claires que les vaccins à vecteur adénovirus ont réduit la mortalité. Pour 100 décès chez les non-vaccinés, il n’y a que 37 décès chez les vaccinés, avec un intervalle de confiance à 95 % de 19 à 70 décès. Ce résultat provient de cinq ECR différents pour trois vaccins différents, mais il est principalement motivé par les vaccins AstraZeneca et Johnson & Johnson.

Pour les vaccins à ARNm, en revanche, il n’y avait aucune preuve d’une réduction de la mortalité. Pour 100 décès parmi les non-vaccinés, il y a 103 décès parmi les vaccinés, avec un intervalle de confiance à 95 % de 63 à 171 décès. C’est-à-dire que les vaccins à ARNm peuvent réduire un peu la mortalité ou l’augmenter ; nous ne savons pas. Les vaccins Pfizer et Moderna ont contribué à parts égales à ce résultat, il n’y a donc aucune preuve que l’un soit meilleur ou pire que l’autre.

Alors que la mortalité toutes causes confondues est ce qui compte pour la santé publique, il existe un intérêt scientifique à savoir comment les différents vaccins affectent différents types de mortalité. Les scientifiques danois ont contacté les enquêteurs des essais contrôlés randomisés pour savoir si chaque décès était dû à la covid, à une maladie cardiovasculaire, à des accidents ou à d’autres causes.

Pour les vaccins à ARNm, il y a eu une réduction des décès à cause de la covid, mais une augmentation des décès cardiovasculaires, mais ni l’une ni l’autre n’était statistiquement significative. Ainsi, ces résultats pourraient être dus au hasard. Il se pourrait que les vaccins puissent réduire le risque de décès par la covid tout en augmentant le risque de décès cardiovasculaires. Nous ne le savons pas et Pfizer et Moderna n’ont pas conçu les RCT pour nous le faire savoir.

Pour les vaccins à vecteur adénoviral, il y a eu des diminutions statistiquement significatives des décès par la covid et par incidents cardiovasculaires, peu susceptibles d’être dus au hasard. Il y a eu une légère diminution des autres décès, qui peut être due au hasard.

La force de l’étude danoise est qu’elle est basée sur des essais contrôlés randomisés. La principale faiblesse est que le temps de suivi est court. En effet, les fabricants ont mis fin prématurément aux essais cliniques, après que les vaccins ont reçu l’autorisation d’utilisation d’urgence.

Une autre faiblesse est que les données ne nous permettent pas de déterminer comment ces résultats peuvent varier selon l’âge. Alors que n’importe qui peut être infecté, le risque de décès dû à la covid est mille fois plus important chez les personnes âgées que chez les jeunes.

Les vaccins réduisent-ils principalement les décès chez les personnes âgées ? C’est une supposition raisonnable. Qu’en est-il des plus jeunes ? Nous ne le savons pas. Ce n’est pas la faute des chercheurs danois. Ils ont fait un travail brillant en extrayant autant d’informations que possible des ECR parrainés par l’industrie.

Certains pourraient reprocher à l’étude danoise de ne pas avoir encore été évaluée par des pairs, mais elle l’a été. Elle a été évaluée par des pairs par moi et par plusieurs collègues et nous avons tous des décennies d’expérience avec ce type d’études. Qu’il n’ait pas encore été évalué par des pairs anonymes est sans importance.

Les vaccins à ARNm ont été approuvés sur la base d’une réduction des infections symptomatiques au lieu de la mortalité. Que Pfizer et Moderna n’aient pas conçu leurs ECR pour déterminer si les vaccins réduisaient la mortalité est inexcusable, car ils auraient facilement pu le faire.

Que la FDA les ait approuvés pour une utilisation d’urgence est compréhensible. De nombreux Américains plus âgés mouraient de covid, et ils ont dû fonder leur décision sur les informations disponibles à l’époque.

Maintenant, nous en savons davantage. Si Pfizer et Moderna veulent continuer à vendre ces vaccins, nous devrions exiger qu’ils mènent un véritable essai clinique randomisé qui prouve que les vaccins réduisent la mortalité.

Tout aussi importants, le gouvernement, les entreprises et les universités devraient cesser d’imposer des vaccins lorsque des essais contrôlés randomisés montrent un résultat nul pour la mortalité.

Source 

Entretien entre Freddie Sayers de UnHerd et la Pr Stabell-Benn (sous-titré en français)

Discussion et contexte

L’implication évidente de cette étude (puisque les deux séries de vaccins sont disponibles) est que les autorités de santé publique auraient dû recommander les vaccins adénovecteurs moins chers que les vaccins à ARNm depuis le début et pour la plupart des patients.

En d’autres termes, la décision internationale de retirer l’autorisation du vaccin AstraZeneca (AZ) en Europe et ailleurs semble avoir été une erreur. Les vaccins tels que ceux d'AstraZeneca ou Johnson & Johnson étaient en fait une meilleure option que les vaccins Pfizer ou Moderna. Rappelons que le 3e membre de ces vaccins à vecteur adénovirus est le vaccin Spoutnik V, reconnu efficace (étude hongroise, étude russe), mais snobé par les autorités occidentales (bien avant la crise ukrainienne). Contrairement à ce que croient certains demi-habiles qui citent la mortalité en Russie comme preuve que le vaccin Spoutnik-V ne marcherait pas, les données indiquent au contraire son efficacité, mais voilà peu de Russes se sont fait vacciner…

Cette étude fournit une explication potentielle aux meilleurs résultats de mortalité globaux au Royaume-Uni (qui a massivement utilisé le vaccin AZ) qu’une grande partie de l’Europe continentale (qui a progressivement supprimé le vaccin AZ) après le programme de vaccination au second semestre 2021.

Depuis sa publication en prépublication, l’étude Stabell-Benn a été très peu médiatisée. Comme la Dr Stabell-Benn l’a dit à Freddie Sayers dans son interview avec UnHerd, elle s’est habituée à cette réticence :

« Je travaille dans ce domaine depuis maintenant près de trente ans. J’étudie les vaccins et trouve ces effets non spécifiques très controversés. Il y a des intérêts puissants qui ne veulent pas vraiment en entendre parler. Mais pour moi, c’est une bonne nouvelle : cela signifie que nous pouvons optimiser l’utilisation des vaccins non seulement pour avoir de puissants effets protecteurs contre les maladies vaccinales, mais aussi pour optimiser leur utilisation en termes de santé globale. »

Pour une étude avec une conclusion aussi conséquente, l’examen par des experts indépendants est crucial. Dans le passé, un tel examen par les pairs se déroulait dans l’anonymat, à huis clos d’une revue scientifique, avec un seul éditeur ou éditeur associé servant d’arbitre. En raison du petit nombre de personnes impliquées dans l’examen, le processus d’examen par les pairs est sujet à des biais bien connus et à de longs délais (des mois ou plus). Pire encore, ces délibérations sont cachées du public. Le commun des mortels devait considérer comme un article de foi qu’un article publié et revu par des pairs présentait des conclusions précises.

Un meilleur processus d’examen scientifique de certains articles importants a émergé pendant la pandémie — un examen ouvert par les pairs grâce auquel le public assister aux délibérations entre les experts scientifiques. Bien que l’équipe danoise ait publié son article début avril, c’est une revue en ligne de l’expert en sécurité des vaccins et épidémiologiste de renommée mondiale Martin Kulldorff qui a lancé la discussion entre scientifiques à ce sujet.

Dans son examen, Kulldorff souligne la conclusion claire des résultats de l’article danois. Lorsque les vaccins à ARNm et à adénovecteurs sont disponibles, il est préférable de prendre le vaccin avec de bonnes preuves randomisées de réduction de la mortalité toutes causes confondues plutôt que de prendre un vaccin pour lequel, avec les meilleures preuves actuelles, s’il réduit la mortalité. Kulldorff a appelé à un nouvel essai contrôlé randomisé du vaccin à ARNm pour savoir s’il peut rivaliser avec les vaccins à vecteur adénovirus — comme cela devrait se produire en médecine chaque fois qu’une intervention efficace existe et qu’une autre intervention cherche à montrer qu’elle est aussi bonne ou meilleure. Il a également suggéré qu’il est inapproprié d’imposer des vaccins pour lesquels les essais cliniques randomisés montrent un résultat nul pour la mortalité.

L’examen ouvert par les pairs de Kulldorff a suscité des discussions parmi les scientifiques sur la faisabilité de mener un essai randomisé comparant les vaccins. Les taux de mortalité dus à l’infection par la covid — en partie dus aux niveaux élevés d’immunité de la population contre le rétablissement de la covid — sont faibles, de sorte qu’un échantillon de grande taille serait nécessaire pour détecter une différence. La question de savoir si une telle étude est même réalisable est une question ouverte, tout comme l’importance d’une telle étude. Ce genre de discussion constructive se produit tout le temps en science.

Cependant, certains scientifiques — y compris Deepti Guradsani qui défend la stratégie du zéro covid — ont réagi à l’article de Kulldorff par des propos que certains considèrent diffamatoires et en affirmant qu’il s’agissait de diffusion de fausses informations sur les vaccins, le tout saupoudrer d’accusations habituelles, mais lunaires, de lien avec la droite politique.

Kulldorff est un éminent scientifique spécialisé dans les vaccins qui a présenté honnêtement son opinion sur les vaccins covid, même lorsqu’ils vont à l’encontre du récit établi. En mars 2021, il a perdu son poste de conseiller auprès du CDC américain pour avoir recommandé de ne pas suspendre le vaccin Johnson & Johnson pour les Américains âgés. Action du CDC qui tua dans l’œuf la demande de vaccins à vecteur adénoviral aux États-Unis. Il s’agirait de la seule personne que le CDC ait licenciée pour être trop provaccin… Moins d’une semaine plus tard, le CDC approuvait le vaccin Johnson & Johnson. [Il est toujours approuvé pour les plus de 18 ans.]

Pour le grand public, savoir quel vaccin sont sans danger est littéralement une question de vie ou de mort. Pour les scientifiques, l’enjeu des études comme celle de la Pr Stabell-Benn est la capacité de participer honnêtement à des débats et examens scientifiques ouverts sur des sujets d’actualité sans devoir subir insultes, calomnies et atteintes à la réputation fondées sur des mensonges. Si les scientifiques perdent leur capacité à raisonner publiquement au sujet d’études comme l’étude danoise, les médecins n’auront aucune base solide pour conseiller leurs patients sur ce sujet et le public n’aura aucune raison de faire confiance aux médecins et aux scientifiques.


 

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